最佳手术时机的选择，是要平衡病变的危害，手术的风险，年龄因素的风险，各个医院的围手术期处理水平综合考虑的。
一般来讲，室缺的手术时机决定于室缺的大小和位置，分流量大小，和是否合并继发改变
小的膜周室缺4，5mm以下，有可能自行闭合，可以等到6岁前后。每年要复查。
稍大的膜周室缺但分流量不大，如6mm左右，肌部分流量不大的室缺，可以等到2-3岁，或者体重10公斤以上做。
干下的室缺，无论大小要早做，容易出现主动脉瓣继发改变，即使分流量不大也要做。如果没有瓣膜问题，建议6-10月做。
大的室缺，分流量大，如果没有反复感冒，肺炎，没有生长发育迟缓，没有喂养困难，可以到6-8个月做。