临床专家指出，一般的男性性交疼痛情况其引起的最常见原因可能是阴茎痛性勃起。阴茎痛性勃起是指在阴茎勃起时出现疼痛。多见于包皮系带过短和假性包皮过长时的包皮口过窄。包皮系带是指包皮与龟头相连的皮肤，位于龟头下方尿道口处。当阴茎勃起时，如果包皮系带过短就会牵拉龟头导致阴茎弯曲，牵拉过度出现疼痛。在假性包皮时，如包皮口过窄。在阴茎勃起后，胀大的阴茎体或龟头就会因包皮口过窄受到压迫，出现疼痛。严重的会出现包皮水肿、甚至包皮缺血坏死，这在临床上称之为“包皮嵌顿”，是需要作紧急手术可松解、包皮环切的。
此外，在性生活时，如果男子在女子尚未完全性兴奋，阴道仍然干涩时阴茎强行插入阴道，就会造成阴茎和阴道的相互摩擦、损伤，也会导致双方出现性交疼痛。